GFX 100 оснащена 3.2-дюймовым 2.36 МП сенсорным ЖК-дисплеем с двумя шарнирами, которые можно наклонять как в альбомной, так и в портретной ориентации, как и в фотоаппарате Fujifilm GFX 50S. Камера поставляется со съемным наклонным видоискателем с дисплеем на 5.76 МП, выполненным по технологии OLED. Также имеется пара контрольных OLED-дисплеев — один сверху, другой под основным ЖК-дисплеем, которые отображают различные настройки камеры, время работы от батареи и количество оставшихся снимков.
Fujifilm установила в GFX 100 гибридную систему автофокусировки с 3.76 миллиона фазовых детекторов, распределенных по почти 100% кадра. Компания утверждает, что скорость автофокусировки на 210% выше, чем у GFX 50R, у которой автофокус только контрастный.
Одной из основных функций камеры является возможность съемки и записи видео. Камера может записывать видео 4K DCI и UHD со скоростью до 400 Мбит/с, используя кодеки H.265 или H.264 на выбор. GFX 100 поддерживает режим эмуляции фотопленки Eterna от Fujifilm и может выводить 10-битное видео с логарифмическим профилем F-Log с цветовой субдискретизацией 4:2:2 на внешний видеорекордер.